ブランドン・ナカシマ

NIES collection MICROBIAL CULTURE COLLECTION General information Search on strains data List of strains Taxonomic index Alphabetical index How to order Cart Japanese HOME Search Strain Data Strain Data Strain Data Strain Data Reference --> Strain number NIES-22   Phylum Cyanophyta   Class Cyanophyceae   Scientific name Calothrix brevissima G.S.West   Synonym   Former name   Common name Blue-green alga ; Cyanobacteria   Locality (Date of collection) Palau Isl., Palau (1941-09-**)   Latitude / Longitude   Habitat (Isolation source) Freshwater (Soil)   History Isolator (Date of isolation) Watanabe, Atsushi   Identified by Negoro, Ken-ichiro   State of strain Cryopreservation; Unialgal; Non-clonal; Axenic[2018 Feb]   Culture condition (Preculture condition) Medium:  MDM (agar)   Temperature:  20 (25) C Light intensity:  4-10 (14-16) µmol photons/m2/sec, L/D cycle:  10L:14D Duration:  4 M (14 D)   Gene information nearly complete genome ( AP018207 ) , 16S rRNA ( AB074504 ) , gyrB ( AB074768 ) , rpoC1 ( AB074791 ) , rpoD1 ( AB074818 ) , Plasmid DNA ( AP018208-AP018215 )   Cell size (min - max)   Organization Filamentous  Characteristics Nitrogen fixation　 (aerobic condition, Modified BG-110 medium, N-Free medium) ; Chromatic adaptation   Other strain no. Other collection strain no. : IAM M-7 (=M-249)   Remarks Cryopreserved; Axenic  Movie   Reference Hirose, Y., Ohtsubo, Y., Misawa, N., Yonekawa, C., Nagao, N., Shimura, Y., Fujisawa, T., Kanesaki, Y., Katoh, H., Katayama, M., Yamaguchi, H., Yoshikawa, H., Ikeuchi, M., Eki, T., Nakamura, Y., Kawachi, M. 2021 Genome sequencing of the NIES Cyanobacteria collection with a focus on the heterocyst-forming clade. DNA Res., 28, dsab024 (article ID). Keywords: Cyanobacteria; genome; heterocyst; culture collection; taxonomy Strain(s): 19,  21,  22,  23,  25,  37,  50,  73,  267,  806,  932,  2098,  2100,  2107,  2109,  2111,  2130,  2135,  3275,  3585,  3757,  3974,  4073,  4074,  4075,  4101,  4102,  4103,  4106  PubMed: 34677568 DOI: 10.1093/dnares/dsab024 Li, Y. & MChen, M. 2021 The specificity of the bilin lyase CpcS for chromophore attachment to allophycocyanin in the chlorophyll f-containing cyanobacterium Halomicronima hongdechloris. Photosynth. Res., 151, 213–223. Keywords: Allophycocyanin; Bilin lyase; Cyanobacteria; Far-red light photoacclimation; Halomicronema hongdechloris; Photosynthesis Strain(s): 22,  267  PubMed: 34564824 DOI: 10.1007/s11120-021-00878-4 MacCready, J. S., Basalla, J. L., Vecchiarelli, A. G. 2020 Origin and evolution of carboxysome positioning systems in cyanobacteria. Mol. Biol. Evol., 37, 1434–1451. Strain(s): 21,  22,  25,  26,  30,  39,  44,  73,  87,  88,  267,  592,  806,  843,  932,  970,  2098,  2100,  2107,  2108,  2111,  2549,  3275,  3754,  3756,  3974,  4073,  4074,  4075,  4101,  4103,  4106  PubMed: 31899489 DOI: 10.1093/molbev/msz308 Curren, E., Teruaki, Y., Kuwahara, V. S., Leong, S. C. Y. 2019 Rapid profiling of tropical marine cyanobacterial communities. Reg. Stud. Mar. Sci., 25, 100485 (article ID). Keywords: Cyanobacteria; MinION-Oxford Nanopore sequencer; Biodiversity; 16S rRNA amplicon sequencing; Long-read sequencing; Coastal waters; Southeast Asia; Monitoring Strain(s): 22,  25,  42,  843,  2135,  2481  DOI: 10.1016/j.rsma.2018.100485 Hosoya, R., Hamana, K., Isobe, M., Yokota, A. 2005 Polyamine distribution profiles within Cyanobacteria. Microbiol. Cult. Coll., 21, 3-8. Keywords: cyanobacteria; homospermidine; polyamine; spermidine Strain(s): 19,  21,  22,  28,  30,  34,  37,  41,  44,  45,  50,  73,  78,  79,  80,  81,  204,  208,  510,  512,  515,  592,  593,  610,  843,  846,  847,  2093,  2096,  2098,  2100,  2102,  2107,  2108,  2118,  2119,  2123,  2124,  2125,  2126,  2128,  2129,  2131,  2132,  3259,  3275,  3276,  3277  Seo, P-S. & Yokota, A. 2003 The phylogenetic relationships of cyanobacteria inferred from 16S rRNA, gyrB, rpoC1 and rpoD1 gene sequences. J. Gen. Appl. Micobiol., 49, 191-203. Keywords: cyanobacteria; gyrB; phylogeny; protein evolution; rpoC1; rpoD1; 16S rDNA Strain(s): 19,  21,  22,  25,  39,  104,  2093,  2095,  2128,  3277  PubMed: 12949700 DOI: 10.2323/jgam.49.191 Mori, F., Erata, M., Watanabe, M. M. 2002 Cryopreservation of cyanobacteria and green algae in the NIES-Collection. Microbiol. Cult. Coll., 18, 45-55. Keywords: cryopreservation; cyanobacteria; green algae; FDA staining method; NIES-Collection Strain(s): 19,  21,  22,  23,  24,  25,  26,  27,  28,  29,  30,  31,  32,  33,  34,  35,  36,  37,  38,  39,  40,  41,  44,  45,  46,  50,  51,  52,  53,  54,  55,  56,  58,  59,  60,  61,  62,  63,  64,  65,  66,  67,  68,  69,  70,  73,  74,  75,  76,  77,  78,  79,  80,  81,  87,  89,  90,  91,  92,  93,  94,  95,  96,  97,  98,  99,  100,  101,  102,  103,  104,  105,  106,  107,  108,  109,  110,  111,  112,  119,  120,  122,  123,  125,  127,  128,  129,  130,  131,  132,  133,  134,  135,  137,  138,  139,  144,  147,  151,  152,  153,  154,  155,  156,  157,  158,  159,  160,  162,  163,  164,  165,  166,  167,  168,  170,  171,  172,  173,  174,  175,  176,  177,  178,  179,  180,  181,  182,  183,  185,  186,  187,  188,  189,  191,  192,  193,  194,  197,  198,  199,  200,  201,  202,  203,  204,  205,  206,  207,  208,  209,  210,  211,  212,  213,  214,  215,  216,  217,  224,  226,  227,  228,  229,  230,  231,  232,  241,  242,  243,  244,  245,  246,  248,  257,  259,  261,  262,  263,  266,  267,  268,  287,  288,  289,  290,  294,  295,  297,  298,  299,  300,  301,  302,  303,  305,  306,  308,  309,  310,  312,  313,  329,  334,  337,  338,  339,  340,  341,  342,  349,  351,  359,  360,  361,  362,  375,  378,  379,  380,  382,  384,  385,  390,  394,  396,  397,  398,  415,  416,  418,  419,  421,  422,  423,  424,  425,  426,  427,  428,  429,  430,  431,  432,  433,  434,  436,  437,  438,  439,  440,  446,  447,  448,  449,  450,  451,  452,  453,  454,  455,  456,  457,  458,  459,  460,  464,  468,  469,  474,  478,  479,  480,  481,  503,  504,  505,  506,  507,  509,  510,  512,  514,  515,  522,  523,  524,  527,  528,  529,  530,  531,  532,  536,  537,  538,  539,  540,  541,  542,  543,  544,  545,  546,  564,  565,  566,  567,  568,  569,  570,  571,  572,  573,  574,  575,  576,  577,  578,  579,  580,  581,  582,  583,  584,  585,  592,  593,  594,  595,  596,  597,  598,  604,  610,  628,  630,  631,  632,  633,  634,  635,  636,  637,  638,  639,  640,  641,  642,  643,  644,  645,  646,  647,  648,  649,  650,  651,  652,  653,  654,  655,  656,  657,  658,  659,  660,  661,  662,  663,  664,  665,  666,  667,  672,  685,  686,  687,  688,  689,  690,  691,  692,  693,  694,  717,  718,  719,  720,  721,  722,  723,  724,  725,  726,  727,  728,  729  Hirata, K., Phunchindawan, M., Tukamoto, J., Goda, S., Miyamoto, K. 1996 Cryopreservation of microalgae using encapsulation-dehydration. CryoLetters, 17, 321-328. Keywords: Dunaliella tertiolecta; microalgae; cryopreservation; encapsulation-dehydration Strain(s): 8,  19,  22,  24,  27,  32,  44,  242,  375,  396,  422,  437  Ichimura, T. & Itoh, T. 1977 17. Preservation methods of microalgae (I) [17. Bisaisôrui no hozonhô (I)]. In Preservation methods of microorganisms [Biseibutsu Hozonhô], Ed. by Nei, T., University of Tokyo Press, Tokyo, pp. 355-373 (in Japanese). Strain(s): 19,  21,  22,  23,  24,  27,  28,  30,  31,  32,  33,  34,  36,  37,  38,  39,  40,  41,  44,  45,  46,  47,  48,  49,  50,  122,  123,  127,  131,  144,  152,  173,  175,  179,  180,  181,  182,  183,  185,  198,  200,  203,  206,  217,  226,  227,  241,  266,  267,  268,  295,  309,  310,  334,  338,  379,  436,  448,  450,  455,  527  Pedersén, M. & DaSilva, E. J. 1973 Simple brominated phenols in the bluegreen alga Calothrix brevissima West. Planta, 115, 83-86. Strain(s): 22  PubMed: 24458820 DOI: 10.1007/BF00388608 Watanabe, A. 1960 List of algal strains in collection at the Institute of Applied Microbiology, University of Tokyo. J. Gen. Appl. Microbiol., 6, 283-292. Strain(s): 19,  21,  22,  23,  24,  25,  26,  28,  29,  37,  47,  49,  226,  227  Watanabe, A. 1959 Distribution of nitrogen-fixing blue-green algae in various areas of south and east Asia. J. Gen. Appl. Microbiol., 5, 21-29. Strain(s): 22,  37  DOI: 10.2323/jgam.5.21 Unauthorized copying and replication of text, images, and tables in our homepage, are prohibited. PAGE TOP 16-2 Onogawa, Tsukuba, Ibaraki 305-8506, JAPAN TEL +81-29-850-2556 FAX +81-29-850-2587 Send us an e-mail () FAQ Privacy policy ©National Institute for Environmental Studies. All Rights Reserved. Since 1 October 2001